台灣的地質活動很活躍。大家可能記得2006年12月26日台灣西南外海發生芮氏規模7.0的強震，恆春由於強烈地震，核三廠也因此調整安全措施。地震當時，核三廠二號機警報響起，再經由廠區人員手動停機。此一事件引發民眾對核電廠在地震中如何維護安全的關注。

台灣也因此有了強烈地震自動跳脫系統（automatic seismic trip system） 從地震波中連續監測峰值地面加速度，並自動發出跳脫信號，目的是在地震活動超過預定值，自動關閉核電廠。不過機組停止運轉後，燃料元件放射性物質會因衰變而產生的熱量，即使停止核分裂反應，衰變物質還是會繼續釋放熱能，此時就必須持續冷卻機組，以避免機組損壞，大量釋出放射性物質。

核電廠安全停機後並不必然安全。機組的爐心冷卻系統可否發揮作用，圍阻體可否照常散熱，冷卻水是否因事故而流失，都是可能發生的事。

原能會於2011年3月福島事故發生後，展開全面的核安審查。原能會於2012年1月宣布，台灣六座運轉中的機組並無安全問題。但福島發生爐心熔燬事件在台灣造成激烈討論。台灣很容易發生大地震，且台灣雖然少有海嘯，但並非完全沒有海嘯風險。歐盟核安管制機關組織受台灣之請，重新評估台灣每座核電廠應對極端自然災害的能力，包括地震、海嘯和洪水，以及輻射防護及緊急準備與應變。

台灣當時所用的設計基準地震（Design Basis Earthquake, DBE ）是機組遇到地表加速度峰值（Peak Ground Acceleration, PGA）為0.4g ，可以安全停機。峰值地加速度是指地震時地表水平方向最大加速度的數值，以重力加速度（g）的倍數表示，也就是預期機組在運轉年限可能遭遇的最大地震，建物不會倒塌或損壞。

歐盟核安管制機關組織（European Nuclear Safety Regulators Group，ENSREG）在2013 年所做的審查認為，台灣核電廠採用的安全標準普遍較高。不過他們也建議，台灣應更新自身對所有自然災害的評估，對於地震和海嘯，尤其如此。當時歐盟同儕審查小組曾建議台灣原能會，採行特定措施改善核安。該小組首先強調，原能會必須充分評估台灣核電廠所在區域及廠址附近已發現的可能斷層，例如屏東恆春斷層（和大台北地區的山腳斷層）。

歐盟同儕審查小組建議，機率式地震危害度分析（Probabilistic Seismic Hazard Analysis）應將所有可能的斷層以斷層源的方式應用於災害模型中，並納入經當地驗證的地動預測公式（Ground Motion Prediction Equations）。此外，馬尼拉海溝之於核安的影響，也必須納入台灣的核安評估。

由於地震問題在科學上相當複雜，歐盟同儕審查小組建議，台灣應就地震問題求教於專門的國際同儕評審，以便做出機率式地震危害度分析，達成共識，最後再因此修訂設計基準。

歐盟同儕審查小組假設未來為了定義更新的設計基準地震，而進行的危險評估，將導致結構、系統與元件負載增加。為了顯著地提升地震危害的安全性，建議定義超過目前設計基準地震地加速度的地動值，並對具有基本安全功能的結構、系統與元件進行中級升級，以達到此新定義的等級。在更新設計基準地震後，地震合格的結構、系統與元件亦必須配合更新。位於（金山、國聖與）馬鞍山核電廠的蓄水池，以及連接管路的耐震設計等級，都必須依據地震災害更新後之設計等級加以補強，以防止因結構物破壞而造成水災。

歐盟同儕審查小組指出，由於台灣地震相對頻繁，運轉基準地震（ Operating Basis Earthquake）加速度等級絕對值偏高。若震度為低地震等級，此時結構、系統與元件並未達到安全停機的標準。但在頻繁的低地震等級，重點反而會是可否安全運轉，所以歐盟同儕審查小組建議，原能會應特別注意，即使經歷的震度為低地震等級，機組本身的結構、系統與元件的震後檢測皆不可掉以輕心。

有兩條不同的主要斷層帶（恆春斷層、墾丁斷層皆為逆移斷層）平行於15公里長的恆春溪谷東側。恆春鎮是核三廠的所在地，如能使用如無人機，以定位、描述及量化恆春斷層的活躍變形，會有助於理解恆春斷層。